当然,作为一门科学,笔迹鉴定最明显的缺点就是它最终要依靠分析者的主观判断这一事实。这就意味着在历史上,科学界对它的接受程度是有限的,并且它也不能作为有效的呈堂证供。只是近期以来,由于对笔迹鉴定师的培训已经更加标准化,并且制订了明确的鉴定步骤,笔迹鉴定才开始作为可重复的并可被同行审查的科学过程而被更广泛地接受。但是,笔迹比较的结果仍然不一定会被作为呈堂证供,一部分原因是笔迹鉴定作为一门科学还有很多障碍有待克服,包括确定可靠的分析错误率以及为比较过程设定标准等。随着包括笔迹刑事信息系统(Forensic Information System for Handwriting)在内的计算机化笔迹鉴定系统在分析过程中的应用,分析人员可以将手稿扫描到计算机中,然后将比较过程数字化,这可能会加快笔迹鉴定作为科学和法庭鉴定证据而被人们广泛认可的进程。